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Le origini dell’edificio ospitante il Relais Le Clarisse, e dunque il nome che ne deriva, affondano le radici in tempi antichi. La struttura fu annessa, in qualità di refettorio e oratorio, alla Chiesa dei Ss. Quaranta Martiri di Sebaste in Armenia e S. Pasquale Baylon, situata in Via San Francesco a Ripa angolo Via delle Fratte di Trastevere.
I primi documenti che attestano l’esistenza della chiesa risalgono al 1122, anno in cui venne eretta da Papa Callisto II. La chiesa fu in seguito riedificata dai Padri minori Scalzi, i quali inglobarono al progetto l’oratorio che oggi ospita il Relais Le Clarisse e che allora era sede del convento monacale dell’ordine delle suore Clarisse.